Deception có cốt truyện xuyên suốt toàn dòng game MK. Rất lâu trước khi Liu Kang vô địch giải Mortal Kombat đầu tiên. Shujinko, một cao thủ của nhân giới đã bỏ cả đời đi tìm kiếm bí mật của những tấm Kamidogu. Bảo vật của 6 thế giới: Earthrealm, Netherrealm, Chaosrealm, Outworld, Orderrealm, Edenia theo lời của Damashi - 1 hồn ma kỳ bí. Sau khi thu thập đủ 6 mảnh, Shujinko mới phát hiện ra rằng vẫn còn một mảnh cuối cùng, đúng lúc đó vua rồng Onaga hiện ra với một bộ dạng hãi hùng. Damashi lộ chân tướng là một con ma do vua rồng tạo ra để lừa Shujinko. Quá sợ hãi trước Onaga bất tử, Shujinko chạy trốn về Earthrealm còn vua rồng xông tới cung điện của Shang Tsung mà thần sấm sét Raiden đang chiến đấu chống lại Shang Tsung và Quanchi. Cả ba đại cao thủ hợp sức lại nhưng bị vẫn bị tiêu diệt, Onaga hả hê với mảnh Kamidogu cuối cùng của Quanchi.